殆どの場合OKですが、

私達も何度かキャンセル待ちを経験しましたが国内線と違って大抵OKとなりますが、この時、旅行会社は顧客の足元を見ているような気がします。

ヨーロッパの場合なら航空会社も多く旅行会社も多いので色々当たって工夫できると思います。

ヨーロッパで乗り継いで別の都市へ行く場合、大抵夜が遅くなるケースが多いです。
到着が遅くなっても、タクシ、レンタカ等でホテルまでアクセスすることは差ほど問題とは思いません。(私達はジュネーブ及びチューリッヒに到着した時はレンタカでした。しかし、深夜のドライブは道に迷うと尋ねる人が少ないので要注意です。)
スイスの空港では荷物の取り扱いが遅く荷物を手にするのに時間が掛かりましたが、今は如何でしょうか?

でも、ホテル側に何時頃到着すると事前に一報しておくと良いですね。