全部自分で手配してはいかがですか。

航空機とホテル(空港-ホテル間の送迎付き)がセットになったパッケージツアーと
フリーの旅行の違いは、空港ホテル間の送迎だけですよね。

ツアーだと、直行便ではなく、ヨーロッパの他都市経由になり
(例えばKLMならアムステルダム経由というように)
ローマに着くのが夜遅くなります。
それだと送迎サービスがないと心配でしょうが
JALかアリタリアの直行便で行けば、着くのは夕方ですから、
自力で空港からテルミニ駅まで行くのも問題ありません。

宿は、パッケージの方が限られてしまいます。
フリーの方が、自分にとってよい立地のところを選べます。
海外のサイトで予約するのが心配でしたら
アップルワールドやJHC、オクトパス、ミュウなど
日本の、それなりに信用のおけるサイトで予約すればいいのでは?
(ときにより、海外のサイトよりも安いときもありますよ)

まだ時間が有りますから、宿や移動などについての質問をたくさんして
満足のいく旅行を自分でつくり上げることができると思います。
この際全てご自分で手配してはいかがですか。