私だったら早い便にする。

私も早い便にしたほうが良いと思います。「時間をもてあます」という問題は、「時間がない」に比べるとはるかに深刻度は低いので悩む余地はないと思います。JALの航空券が変更不可であればなおさらです。

しかし、どうしてワシントンDC-JFKも「通し」としなかったのでしょうか。「通し」の場合運賃は+1万円程度(たぶん)で利便性を考えると「通し」が良かったと思います。「通し」の航空券であれば国内線が遅れても、JALは待ってくれる可能性は高いです。