チケットは前日までに受け取り、当日は最寄り停留所から乗車

フェリービル発で予約・決済をし、前日までにフェリービルのチケットカウンターでチケットを発券してもらい、そのチケットで当日マーケットストリートバス停から乗車すればよいのです。
フェリービル発のチケットで、市内の停留所から乗車して問題ないと、発券カウンターの職員が言っていました。

フェリービル以外のチケットが購入できない理由はわかりません

　フェリービルには、amtrakの発券窓口があり、前日にチケットを買いに行き、「ここからエメリービル、そしてサクラメントまで大人1枚」といってチケットを買ったことがあります。バスと列車の乗車券をくれました。そのため「フェリービル」という名称を覚えていました。
数年前の情報なので、今もそこに発券窓口があるかどうかはわかりませんので、「歩き方」などで調べてください。

　連絡バスは、列車にあわせて運行されているので便利ですから、前日に窓口で、一緒に購入したほうがよいでしょう。夏休み前なので満席ということはないように思うのですが、この点はなんとも言えません。
　よい旅を。