日本語のツアーはほとんどないでしょうが、英語でも別に問題はないでしょう。

僕はある仕事で、サラワク州ミリにいたとき、休日を利用して、ニアケイブへ行きました。
これは、ホテルのフロントで予約してもらいました。
日本人の商社マンの家族と一緒でしたが、英語のガイドでした。
個人で日本語ガイドを雇うと、かなり高くなると思います。
でも、自然を見るだけならば、別に日本語でなくてもいいと思いますよ。

ボルネオは自然保護が徹底してますから、ツアーに参加すれば、問題ないと思います。
僕がミリから一日コースのツアーに参加したときの話。

《ニアケイブ(Niah Cave)への長い旅》
http://homepage3.nifty.com/worldtraveller/asia/niah_cave.htm

ミリにも安宿がありましたが、「Lonely Planet」を読めば書いてあると思います。

Lonely Planet Malaysia, Singapore & Brunei
10版 (2007/01)
が、出版されたばかりなので、オススメです。

みどりのくつした