お答えします

E46さん、こんばんは。
まず国鉄で行く場合について

イタリア国鉄のHPは検索なさったとのことですので
タイムテーブル等については既に御存知なんですよね?
日帰りしたいということですからミラノを発つのは朝9時台か10時台になるでしょうか。
3月のタイムテーブルが手元にあるのですが、これを使って説明します。(多少時間が変わってるかもしれません)
出発駅はミラノチェントラーレ駅かポルタ・ガリバルディ駅になります。
9:41発と10:41発のはガリバルディ駅からでCarnate-Usmate乗り換えになりますね。
カルナーテ駅は小さくて到着するとアナウンスでベルガモ行き列車は何番ホームと知らせます。
(私の時は3番ホームに着いて1番ホームで待っていた列車に乗り換えでしたが
いつもそうとは限らないでしょう)
ホームにはモニターがなかったのでアナウンスだけが頼りです。
しかし乗客のほとんどがベルガモへ行く人なのでミラノを出る時に
周りの人に聞いておくのも手です。
乗り継ぎ時間が7分前後なので皆、カルナーテで降りるとダッシュでベルガモ行き列車に走ります。
付いて行くと良いでしょう。

バスで行く場合

お手持ちのガイドブックにはもしかしてガリバルディ駅前のバスターミナルから
アウトストラダーレ社のバスで1時間とか書いてませんか?
だとしたらそれは古いです。
私もそれを頼りにガリバルディに行きましたがバスターミナルが結局見つからず
国鉄で行きました。実は帰国後分かったのですが、3月初めにミラノのバスターミナルがLampughanoに移転し、そっちの方へ全て移ったらしいのです。
アオスタ行きや国際線もそちらに行ったようです。
今月初めにアウトストラダーレ社のHPを見たらタイムテーブルが新しいものになっていました(遅い!)
それによるとどうやらベルガモ行きバスはチェントラーレからも出ているらしいのです。
(空港行きプルマンの横の狭いバスオフィスにベルガモ行きのチケット情報が
貼ってあったのでおかしいとは思いましたが)
しかしバス自体を見たわけではないのでこのくらいしか私は情報を持っていません。
バス会社のHPは http://www.autostradale.it です。
このHPの左下にMilano-Bergamo Andata と
Milano-Bergamo Ritorno　というのがありますから
クリックするとタイムテーブルが出てきます。

値段は国鉄が片道3.5ユーロ、バスが6ユーロ前後だったような。
夕方、ベルガモを出るならほとんどが直行でミラノに戻る列車なので
国鉄の方が安くて便利でしょう。

もう一つ、気をつけたいのは国鉄の券売機でチケットを購入する場合です。
私はガリバルディ駅の券売機でチケットを購入しようとリハーサルまでしたのに
本番で紙幣を入れたら機械がクローズして結局チケットオフィスで事情を説明し、
チケットとお釣りをもらう羽目になりました。
オフィスはいつも長蛇の列なので時間に余裕をもって窓口で購入した方が無難です。

ベルガモはとても美しい町です。フニコラーレを二つ乗り継いで旧市街より
さらに上の町まで上ると素晴らしい景色が見られます。
さらに城跡を登ると町とは反対側にアルプスの山が見えます。
二つ目のフニコラーレの駅を出て左手にどんどん道を進むと景色の良い、
ベンチを置いているちょっとした公園のような空間に出ます。
写真撮影に最適です。斜面には美しいヴィラが点在しています。

私も出発前に同じトピックをここに立てたのですが、質問がマイナー過ぎて
レスが付きませんでした(笑)行ってみて色々変更がありましたが
なんとか辿りつけました。
他に質問がありましたら何なりとどうぞ。