いろいろあります

①ジェット気流の状況
②出発する空港の混雑(滑走路の手前で並ぶ)
③到着する空港の混雑(上空をくるくるまわって順番待ち)
④天候
⑤到着便(その機体を利用する前の便)の遅れ=機材到着の遅れ
⑥接続便の遅れ(他の便が遅れた場合に乗り継ぎ客を待つ)
⑦機体の不具合
⑧爆破予告
⑨なんとなく?(時間にもともとアバウト?)

私が経験したことがあるのはこんな感じです。なので、航空機は、電車よりもむしろ、バスと同じような感覚で時刻表を見た方がいいかもしれません。

まったく余談ですが、東京の電車でも終電直前は乗換え客をまったりするので、例えば京王線上りが遅れると、それを待つために山手線が遅れ、山手線を待つために他の私鉄が遅れ、、、、という現象がおきます(最近使ってないので今もどれくらいあるかはわからないけど)。空でも同じことがおこっているわけで、、、。