事情は理解しました。

3等は事前予約も必要ないので最初の滞在地の外人用オフィスでチケットを買うときに途中下車可能か確認するのがいいと思います。

寝台を使わないとのことなので北でも短距離はバスの方が便がいい場合もあるので個人的にはその都度チケットを買った方が自由度が高いと思います。もともとチケットが安いので料金も大きな差はでないと思います。

インドレイルパスは寝台の2ACを30日間目いっぱい使うならいいのですがそうでないと元は取れないと思います。私の勝手な思い込みでいえば睡眠が大切かと思いますので個人的にはパスで快適な2ACがお勧めです。自由座席は盗難のリスクもたいへん高いし、神経すりへるでしょう。ACクラス(特に2AC)はインド人も余裕のある人が多いのでしんどいインドの移動でほっとします。地獄の暑さの時期、体調がおもわしくなければ無理せず(以前のコンディョンでなければなおさら)
に旅をする方がいいのでは。(医師ともご相談してるでしょうが)
インドレイルパスでぐぐってみてください。過去ログにもでてます。

個人的なお勧め

ブッダガヤの聖堂、夜、月、読経の声。心が洗われました。バラナシ、ガンガーをただ毎日眺めるだけでよく眠れました。マザーハウス、マザーの肖像画をみるだけで不思議に心が動かされました。疲れるのに癒される。インドは不思議な国です。よい旅を。