いろいろあります

①ジェット気流の状況
②出発する空港の混雑(滑走路の手前で並ぶ)
③到着する空港の混雑(上空をくるくるまわって順番待ち)
④天候
⑤到着便(その機体を利用する前の便)の遅れ=機材到着の遅れ
⑥接続便の遅れ(他の便が遅れた場合に乗り継ぎ客を待つ)
⑦機体の不具合
⑧爆破予告
⑨なんとなく?(時間にもともとアバウト?)

私が経験したことがあるのはこんな感じです。なので、航空機は、電車よりもむしろ、バスと同じような感覚で時刻表を見た方がいいかもしれません。

まったく余談ですが、東京の電車でも終電直前は乗換え客をまったりするので、例えば京王線上りが遅れると、それを待つために山手線が遅れ、山手線を待つために他の私鉄が遅れ、、、、という現象がおきます(最近使ってないので今もどれくらいあるかはわからないけど)。空でも同じことがおこっているわけで、、、。

AtoAさんに補足

飛行機に限らず、乗り物は遅れるものです。
世界の常識はそうだと、私は思います。

日本人になじみのいちばんある乗り物は「電車」だと思うのですが、日本の鉄道が妙に運行時刻に正確なため、「乗り物は何でも時間通り動くし着く」と思ってしまうのですね。

日本の鉄道は諸外国と比べると密なダイヤで走らせているため、列車が1本遅れると、あとの列車にどんどん波及していって収拾がつかなくなります。
そこで定時運行に務めているわけです。その意識が行きすぎでスピードオーバーして起こったのがJR福知山線の脱線事故ですね。

遅れる理由

飛行機が遅れる理由ですが、いくつかあります。

飛行機も機械ですからどんなに整備していても部品等故障します。
地上で整備車が衝突したりの外部要因の整備などもあります。

天候等もあります。
大雨・雪での滑走路が閉鎖や台風などでもおくれます。
主翼に付いた雪・氷の除去作業などでも遅れます。
上空の風の強弱でも飛行時間が変わります。

空港混雑による離陸待ちや着陸時上空での旋回待機などもあります。
搭乗ゲートに来ない乗客を探したり、荷物の搭載や給油に時間がかかったりして遅れもあります。

他にも遅れる原因は多数あります。