通常は支障なし。

チマキさん、こんにちは。

同じ雨季と言っても、年により降り方が違います。
2004年の2月にはアグアスカリエンテスで鉄砲水が発生して
一時鉄道で入ることも難しい時期がありました。

2005年は大きなトラブルの発生はありませんでした。

高地地方の雨は、ずっと降り続くというわけではなく
「晴れ→曇り→しとしと雨→曇り→晴れ」のサイクルを忙しく繰り返す、という感じです。
観光に支障を来たすほどのものではありません。

もし2004年の事態の再発を心配されるならば
まだ地盤が緩んでいない頃、ご予定の早い時期にマチュピチュ観光を組まれるとよろしいかと。

別の方が、「1～3月にはマチュピチュ観光はできない」旨のコメントを寄せていますが
この時期に閉鎖される可能性があるのは、インカトレイル(トレッキングルート)。
鉄道を使ってマチュピチュを訪れることは、もちろんできます。
乾期よりも空いているので、タイミングを選べばのんびり観光できるかと。

よいご旅行を。