中央駅周辺をはずすなら

わたしもミュンヒェンに行くことが多いので、いろいろと調べたりしています。
次は大学周辺に泊まるつもりなんですが、このあたりも結構高いホテルが多いようです。
ただ場所にあまりこだわらないのなら、おそらく安い宿はあると思います。
空港から地下鉄一本で出られる場所なら、中央駅にこだわる必要はないかもしれません。

http://www.munich-info.de/hotels/lists/pensionen_en.html

このページの一つ星クラスやペンションなどをクリックしてみてください。
またドイツ語のページだけですが、こういうところもあります。

http://www.hotel-siegestor.de/

ここは口コミの評判が良いようなので、一度利用してみたいと思っています。

それからこれもドイツ語だけですが、安い宿のリストです。

http://www.net4.com/muenchen-hotels/hotels.html

まあ値段を見ると、必ずしも安い宿ばかりではないですが。
EZがシングル、DZがダブルルームです。ご参考までに。