あまり参考にならないかも知れませんが

私がフィリピンに行ったのは15年も前のことで、あまり参考にならないかも知れませんが、(フィリピン航空の)成田空港カウンターからハしてプニングの連続でした。
よろしかったら私のHP
http://www6.ocn.ne.jp/~kkato
の「旅のひとこま集」フィリピン編をご覧下さい。
とにかく(何でもありの)面白い国だと思いました。

それから確かにジープニーは庶民の足となっていますが、一般の観光客(特に初めてフィリピンへ行った人)が使いこなせるようなものではないと思います。