2等寝台が無難

女性一人なら座席夜行は避け、2等寝台にした方が無難です。0ではないですが、2等でも寝台で盗難にあうことは少ないです。
なるべく夜行しなくても済むプラン作りがお勧めです。ワルシャワ～トルニ～グダンスク～ポズナニ～ヴロツラフ～クラクフのように。そんなに時間はありませんか?
なお、宿は安くて清潔なYHがお勧めです。