私だったらミラノから入る

JALのマイレージによる特典航空券を利用するという条件では、以下の理由によりJAL便でミラノから入ることが賢明だと思います。なお、欧州内乗換えの場合には、ジュネーブの方がチューリヒより便利ではないでしょうか。

・欧州内同日乗継は何回も経験がありますが、乗継便はきついです。頭が朦朧としてくるので、できれば避けたいところ。
・提携社便の予約が入りにくいと感じています。特に乗継便。
・チューリヒやジュネーブよりミラノの方がホテルは安いと思います。ツェルマットまでの交通費を含めてご検討ください。
・ミラノから電車に乗ることは経験がなくても難しくはない。

欧州内乗継ぎの場合、BAでロンドン経由が最善の選択肢だと思います。AFはパリ-スイス間は別手配になると思います。AYでスイスまで利用する場合、交換に必要なマイルが多くなります。提携社によって微妙に条件が異なるので、よくお調べください。

マイレージ特典の場合、希望のフライトが予約できないことも、多々ありますので、複数の案を準備しておくことをお勧めします。