空路に拘るのならば近場に移動するしかないでしょう

もともとフランクフルトはLCCの少ない空港で、ライアンエアーなどは
元米軍のハーン空港を使用しています。ライアンもプラハへの就航は
ないのですが。

フランクフルトの空港からなんとか行けるのが、ケルン-ボン空港で、
バスでしかアクセスできないハーンよりは便利かと思います。

Germanwingsがこの空港からプラハに飛ばしています。
日程をうまく選べば、総額20ユーロ程度で飛べるはずです。
www.germanwings.com/language_selector.html

ドイツにもLCCは多くあるのですが、何故かチェコへ就航している
エアラインが少ないのは何故だろうかといつも不思議に思っていま
す。さらに遠くに活路を求めれば、EasyJetのDortmundとかもあり
ますが、さすがに遠い。

同じような考えで、フランクフルトからプラハに近いところに飛ぶ。
例えばウィーンで、これならAirBerlinで飛べます。

後は、LCCで繋ぐという案もあり得ますが、できればしないほうが
良いし、決して便利にはできていないのでやめたほうが良いでしょ
う。

ただ、アシアナの到着が17時なので、それから陸路+空路での移動は
無理があると思います。一泊するなら問題ないのですが。