訂正　条件が合えば可能かも

>第3ターミナルで国際線で到着

これは日本発の飛行機ではないですよね。例えば、カナダのトロント発とかだったら、トロントでアメリカの入国審査など行われますので、この場合は乗り継ぎできるかもしれません。ただ、機内持ち込み手荷物だけならともかく、預けた荷物の受け取りとかあったらやっぱり30分では厳しいかな～

>再度チェックインはどこでするのでしょうか?入国後、国内線のターミナルまで持っていくなんてことはないですよね?

再度チェックインは出発空港で出来なかったら、JFKのAAのカウンターでということになります(利用航空会社によりますがこの可能性が大です)。その場合、国内線のターミナルまで持っていく必要があります。