少し意味が違います

まず、”経由地としてクアラルンプールを二度”はあり得ないと思います。そのような使い方はできないはずです。

次に私の文:それぞれの都市から別途航空券なりを調達するほうが

というのは具体的には、ベトナム航空にベトナムストップオーバーでマニラ行きがあるとします。実際に売られているか、またストップオーバーを含め、日程条件を満たす航空券が存在するか否かも知りません。あくまで仮定の話し。まずSGNに飛びストップオーバー、そこから陸路または空路(別払い)でプノンペン。ホーチミンに戻り、まずは目的地のマニラに行く。マニラから航空券を買いセブ往復。マニラに戻り、ホーチミン経由で帰国。フィリピン航空ならMNL経由でSGNが目的地。ここから同じようにプノンペンに行き、SGNからMNLに戻り、ストップオーバー。別途セブ往復航空券を購入し、MNLから帰国。くどいですが、期間が長いので、実際に市場に出ていないかも知れません。

要するにCEB-PNHがないので、その間を繋ぐ区間の大部分を日本で調達する航空券でカバーするという発想です。上記航空会社ならば、二つの目的地に一番近い地点を結ぶためです。バンコクもプノンペンに近いと言えなくもなく、しかも関西からならば毎日TG621がマニラ経由でバンコクに飛んでいます。マニラでストップオーバー可能で、しかも最終目的地がプノンペンである航空券が安く(ノーマルなら必ずある)あるのならば、これが一番楽でしかも安い。これが無理でも、マニラストップオーバー可能で、バンコク往復ならば存在するだろうし、恐らく安価で出されているはず。

結論とすれば、バンコク単純往復に現地発の航空券を付けるのは、ルートが多くなり効率も悪く、しかも高く付く。ですからVISIT ASEAN AIRPASSを使うのは、この場合お得ではないということ。日本から使うエアラインで目的地へ飛び、両者間をうまくLCCなどで結べば安くなる可能性もあるでしょうが、あとはじっくり研究してください。

もとの、「両目的地に行ける92000円の航空券」がどのような内容かは不明ですが、92000円以外に一切掛からないのであればお得と言えるのではないでしょうか?満席と言っても、意味はいろいろあるので、少し日程を調節して粘れば取れるはずです。