難しく考えすぎです

日本語で表記されている解説に「最初の入国から数えて180日---」というふうに書いてあるので、言葉に騙され基点が気になるだけです。連続した単純な1回だけの旅行を想定して書かれたものと思われるので、基点を考えるのは意味がありません。リカウントとか言う考えも勝手な解釈です。
任意の180日間の間に90日以下と読めばよいだけです。
180日毎に区切ってそれぞれに90日以下ではありません。それだと最大90+90で180日可能になってきます。

逆に言えば最終の旅行目的日からさかのぼって、過去180日間に90日を超えての滞在が無ければ次の旅行は可能と考えれば良いと思います。

シェンゲンの規定とは別に各国の入出国規定も満足しなければならないので注意が必要です。上の考え方をする限り国別の規定は満足するはずですが。