まったく問題ありません

まったく問題ありません。
リマでメキシコシティーからサンフランシスコの搭乗券も一緒に
発券されると思いますのでメキシコ出国時にはカウンターに寄らず
直接出国手続きに向かってください。

当然ですが、メキシコでは正規の入出国手続きをすることになります。