普通に

利用する航空会社によりますが
アメリカの航空会社利用ならば
バッファローからナイアガラ観光を最後にする　または　トロントからにするにせよ普通に
ニューヨーク・イン　バッファロー(トロント)・アウトの航空券にすればいいと思います。
エコノミークラスの格安航空券ですがアメリカの航空会社の場合「都市追加型の航空券」もありますので安い追加料金で訪問する都市を追加出来るので

NY～ボストン～バッファローの3都市訪問の航空券を手配してみてはどうでしょう?