ガイド本の値段は当てにならない

あくまで参考です。シーズンによっても違いますし、書かれた時期によっても違います。ノーマル運賃なのか割引運賃なのか・・・たぶん、航空運賃としか書いてないと思うのでオリンピックの古い料金かもしれません。

あいにくエージアンはNetでの利用しかないのでノーマル運賃の有益な情報はありません。
一般則ですが、事前に予約する方が安いのとエージェント通すと数%の手数料はのります。

日にちが確定しているならNetでのe-ticketが安いでしょう。当日カウンターで搭乗券引き換えです。この料金もノーマル運賃では無いZONE-PEXとかの料金のはずですので現地で買うのがノーマル運賃(日付変更とかも出来る)ならそれなりに高いでしょうが、当日でも旅行代理店等で割引運賃のチケットを買えるのが普通なので(あくまで予約クラスが空いてればですが)それを買えばそれほどの値段にはならないはずです。又、航空会社でe-ticketを電話で申し込む事も出来るのでは?。(手数料は取られるはずですが)

ただ、直前の予約だと同じエコノミーのシートでも高い予約クラスしか残ってないので(国際線ほど差はないはずですが)結果的に高くなるでしょう。

席は予約クラスと連動しますからHPの最安値で乗れることはあまり無いでしょうが、ほんとの意味の満席はアテネ-クレタの路線ならまず無いでしょう。なので御金さえだせば席の確保と言う意味では乗れると思います。(ただこれは状況次第ですので・・・便数やシーズン、経験上からの予想でしかありません)

どうしても、その区間のノーマル運賃知りたければ(それで買うことはないでしょうが)エージアンに確認下さい。
オリンピックなら日本の連絡先もあります。