ルート

チューリヒからベルリンは空路と理解しましたが、そうであれば

ベルリン→ドレスデン→ニュルンベルク→ミュンヘン(→フュッセン)→(→ローテンブルク)→ヴュルツブルク→マインツ→ケルン→フランクフルト→帰国

あるいは
ベルリン→ドレスデン→ニュルンベルク→ヴュルツブルク→(→ローテンブルク)(→フュッセン)→ミュンヘン→マインツ→ケルン→フランクフルト→帰国

ケルンはマインツから十分日帰りできます。ドレスデンはベルリンからの、ローテンブルク、フュッセンはミュンヒェンからの日帰りで大丈夫と思います(ニュルンベルク、ヴュルツブルクも同じくミュンヒェンから十分日帰り圏です)。

切符はジャーマンレイルパスで良いでしょう。バイエルン州にある目的地はBayern-Ticketでも周ることができますが、平日は朝9時からでないと使えませんし、ICEやIC、ECには乗れないので効率が悪いです。ジャーマンレイルパスだと1日増しても大人で3200～3300円増し、ユースだと1600～1700円増しですから、マインツ-フランクフルト以外は日帰りも含めて移動日分のパスを買うのが良いと思います。