アグアスの

ワイナピチュはマチュピチュの園内にあるので1日あれば両方観光出来ると思います。(我輩は1日でじゅうぶんでした)
クスコからの日帰りとなるとワイナピチュとマチュピチュに閉門までいられないし1日費やすので疲れも多少はでてくると思うので1日かけてたっぷりとマチュピチュ観光したいのなら「アグアスカリエンテス」で宿泊をオススメします。
我輩の場合はアグアスカリエンテスで2泊しました。
1日目の朝クスコ出発で途中オリャンタイタンボ遺跡に寄りその後アグアスアリエンテス夜着(アグアス泊)
2日目朝からワイナピチュを登り午後から閉門までマチュピチュを観光しその後アグアスカリエンテスの観光(アグアス泊)
3日目の朝にクスコに戻る。
でした。
なのでアグアス(マチュピチュ)3泊も必要ないと感じますが。