マレーシアの何処でしょうか?

確かに航空会社のサイトで買うのが一番確実だと思います。
マレーシアの何処かが書いていないのですが、KL(クアラルンプール)
ならば、両都市間にはそれぞれの国の航空会社が就航しています。
シンガポール航空とマレーシア航空です。お好きなエアライン
と都合の良い時刻を選べば良いのです。ノーマル料金ならば、
シンガポール航空とマレーシア航空の両方に乗ることも可能です。

距離的に短いのでファーストに乗ることも不可能ではないです。
また、ノーマル料金ならば、都会に住んでいるかたは、支店に出向
けば、国内でも対面販売で購入が可能です。距離が短いので、ノー
マルも現実的なのです。さらにノーマルを現地旅行代理店で購入す
ると多少の割引(キックバック分とか)は期待できます。日本に居な
がら予約と支払いをしようとするのであれば、WEBが現実的でしょう。
シンガポールにも日系の代理店(主に法人向け)があるので、そこに
聞いてみるのもひとつですが、多分これは想定外でしょうね。

なお、「予約」とありますが、予約だけならば電話一本でも可能です。
あくまでノーマルの航空券を買うという前提ですが。

なお、マレーシアと言ってもとても広く、ボルネオ島となると話は
違ってきます。