チェコの英語の通用度はまあまあです。

本当は行きのウィーン観光時に1～2泊したあとプラハまで往復するとよかったですね。そうすれば、朝の列車でプラハに向かえますから。
帰りは乗り継ぎだけにして。

帰りもプラハに明るいうちにつくようにウィーンに1泊してから行くのがベターですが、到着がそんなに遅くならなければ大丈夫かと。空港バスが着く共和国広場周辺のホテルが安心かと。徒歩5分にオンラインで予約できるトラベラーズホステルYHがありますが。
ヨーロッパはどこも鉄道が速くて最も便利です。

オーストリアはイタリア、スペインより格段に英語がよく通じます。チェコも両国よりは通じます。