客室内の与圧調整によるのだと思います。

わたしはよく関西-仁川線のエアジャパン(NQ)B767の降下時に耳が痛くなりました。
しかし、他の路線では耳が痛くなったことはありません。
機材の与圧状態に関係があるのではないかと思います。
羽田-金浦線を利用するようになって、耳痛飛行機に搭乗することがなくなりました。こちらはランチボックスが美味しいので、お奨めです。