可能です

ジョグジャへの夜行バスはデンパサールのウブンバスターミナルから午後1～2時台頃に集中して各社のバスが出発します。空席が多い場合はあちらではある程度席が埋まるまで客引きしてますので、実際の発車時間より遅くまで客待ちしてることが多いです。
1時に到着し、スムーズに入国審査等を終えて空港タクシーで向かえば早ければ2時には到着できますので、飛行機が遅れたり空港で手間取らなければ可能だと思います。もちろん夜行バスで、ジョグジャ到着は翌日の朝6時くらいです(フェリー待ちや渋滞がなければ)
もしギリギリそうな場合は、可能かどうかわかりませんが、空港の予約カウンターでバス会社に電話して予約してもらうと、多少は発車を待っててくれるかもしれません。

バスは毎日数社のバス会社から出るので通常は行ってすぐチケット買って乗れますが、ただ今年のラマダンが10月か11月だったような気がします。この祭事に伴う帰省や旅行シーズンに当たるといっぱいで乗れないこともあるかもしれません。またチケット代も通常より高めです。