落ち着いて行動すれば、心配ありませんよ。

他のスレッドでもアメリカを経由してカナダに行く方がおられますが、たぶんチケットの価格が安いのでそうされるのでしょう。
もちろんダイレクトにカナダに入る場合と十分に価格を比較されてのこととは思いますが、アメリカに滞在せずカナダだけに行く場合、ちょっと勿体ない部分もあります。
アメリカに入国せず通過する場合でも入国税・出国税・税関審査料・入国審査料・動植物検疫使用料・最終搭乗空港使用料など6,500円ほどの費用が発生します。
もちろんカナダ入出国の諸費用は当然必要です。また、アメリカの入国にかなりの時間がとられ、待ち時間や経由のロスもかなりあります。
これからチケットを手配される方は、このことも勘案して決められたほうが良いと思います。これからのシーズンは、カナダ直行便も安くなりますので。
ちなみに、カナリ問題になる燃油サーチャージも、米系のキャリアは既に一区間5,000円往復10,000円になっていますが、エア・カナダは9月9日発券分から一区間5,000円になりますが、それ以前は一区間2,300円往復4,600円です!ですから、アメリカ経由に比べ諸経費は一万円以上安くなり、到着するまでの時間もかなりセーブできます。

前置きが長くなりすみません。
サンフラン経由のバンクバー行きですが、単なる経由でもアメリカへの入国手続きが必要となります。
入国審査～バゲージのピックアップ～税関検査～バゲージのリ・チェックインの流れとなります。これが終わったらディスプレイでバンクーバー行きのフライトのゲートナンバーを調べゲートへ向かいます。
帰りは、たぶんバンクーバーでアメリカの入国審査があると思います。
なのでサンフランではゲート間を移動するだけですので時間は十分だと思います。
万一バンクーバーからのフライトがディレイして間に合わない場合も、エアラインが対応してくれますのでご安心を。次の便or他社便or翌日便など・・・。
バゲージは成田までスルーですので、行きと違って何かをする必要はありません。