利用者側の視点でみれば

利用者からの視点でみると、
今回のように日本ー上海などの乗り換えなしの単区間の場合、マイルがMUの企画又は提携会社のものでないと貯まらない(JALマイレージバンク他,JL便としてのマイル加算の扱いは受けられません)くらいの違いしか実質的に感じられないと思います。食事を含めた機内サービス等一切変わりません。なのでマイルにこだわらないのであれば安いMU発券の航空券で正解です。
共同運航が利用者にとって存在意義を持つのはどちらかといえば、乗り継ぎがある旅程の場合で、たとえば「日本-(JL/MU)-上海-(MU)-中国のどこか」という旅程を組んだ場合にも、日本ー上海間のJL運行の便をMU便とみなして乗れることで、全旅程MUとしてのディスカウントチケットを買えるわけです。