エクアドルからペルーへ陸路移動するだけで、結構な時間がかかりますよ。

>>エクアドルのキトから始まり、ペルーのリマ、クスコ(マチュピチュ)、チチカカ湖、ラパス、ウユニ湖のコースで周りたいと思っています。

これで、「全行程で2週間程度を考えていますが、時間的には足りますか?」という質問が出るということは、全く何も考えてない、南米地図も見たことがない、という意味ですね。

僕が南米一周した時、キトからリマまで、次のルートと移動時間がかかりました。

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http://homepage3.nifty.com/worldtraveller/south_america/sm_route.htm
キトからバスでオリエンテ(アマゾン低地)へ降りて、コカ(14時間)。
ボートでナポ川を遡り、ミサウアジ(9時間)。
トラックバスでテナ(1時間)。
バスを乗り換えてバーニョス(5時間半)。
アンバト、リオバンバ、経由で港町グアヤキル(6時間半)。
マチャラへバス(3時間)、一泊して経由で国境のワキージャ(2時間)。

国境を越えてペルーのトゥンベス。

トゥンベスからバスでトルヒーヨ(12時間)。
トルヒーヨ滞在(チャンチャン、アルコイリス、ワカデルソルとワカデラルナ)。
チンボテ、カスマ経由でセチン(セチン遺跡)を見る(日帰り)。
トルヒーヨから夜行バスでリマ(9時間)。
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アマゾン低地へ降りなければ、もっと時間は短縮できます。
しかし、ウユニまで南下する旅で、二週間しかないのに、キトからリマへ陸路移動は不可能です。

南米大陸は大きいので、ま、キトの語学学校でゆっくりと考えたらいいでしょう。
いまは、スペイン語の勉強をしておけばいいです。

みどりのくつした