推測です。

>>(日本円で)2千円であるという。
>>やむを得ず了承して、支払ったのだが、
前半のご説明は成り立ちます。


ですが、
>彼らの計算間違いだったのでは?
これは、
>>お釣りをごまかされ、3千円に相当する金額が取られていた。
ここ(↑)から推測ですが、
JPYで支払って、IDRないしUSDでお釣りが来たのでは?と。
この暗算はキツイです。