パスだと半額です。

国別の鉄道パスはたいていその国の主要観光地を一周すると得になります。オーストリアの場合はウイーン～インスブルック往復で約1万5000円と、元が取れます。
また、絶対得なのはあなたのように、ウイーンとかパリとかの何日間かのフリータイムパックツアーで日帰りを繰り返す場合です。希望の3都市往復で3万円です。つまりパスで半額になります。特にリンツにこだわりがなければ、世界遺産のグラーツの方がいいですよ。所要時間もほぼ同じです。