これは旅の掲示板で聞くよりも医療機関に問い合わせたほうがいいと思うのですが

どちらかって言うと、検疫所や厚生労働省・医療系で問い合わせるべき内容です。わかる範囲でお答えします。
狂犬病や破傷風については、それに罹患するような危険性のある事象が(獣に噛まれるだとか、怪我をして傷口に土が付くなど)起こってからでも早急に医療機関を受診し、適切な創処置(消毒など)や狂犬病ワクチン・破傷風トキソイドや抗毒素血清などの投与を受ければ、仮にウイルスが体内に侵入していても発病の心配はありません。(いずれも発病すると死亡率はかなり高いですが)なので、必ずしも旅行前に予防を強く勧められるほどのものではないです。
マラリアの予防はメフロキン予防薬がありますが副作用が強くまた、完全に予防できるものでもなくこれを過信してマラリア症状が出ていたにもかかわらず医療機関を受診せず死亡した例もあるくらいです。

で、結論。3週間程度の滞在でこれら疾患に対する予防対策を行うのは費用対効果比を考えたときに必要性は低いと思われます。何かこれらの疾患にかかったorかかる危険性のある事象に遭遇したときに躊躇せず医療機関にかかる(現地滞在中でも帰国後でも)ことを忘れないで下さい
自分は3週間にわたるインド・ネパール旅行の際これら疾患に対する予防対策は何もしませんでした。