どこで買っても価格は同じです

　ただし直前にキャンセルする場合、旅行会社だと、JALが定めているキャンセル料金(JALで直接買った場合と同じ金額で、これはJALに支払われる分)+その旅行会社の定めているキャンセル料金(ツアーや格安航空券をキャンセルする場合と大体同じ金額で、いわば手数料)という2つのキャンセル料金を取られると思いますから注意が必要です。　　　まず、JALに電話で聞くのがよいと思います。　　　私は、ホテルの予約はインターネットでするので、私ならJALで直接買いますが、もしあなたが、ホテルや保険やそのほかのことも旅行会社に頼むつもりなら、航空券も同じ旅行会社で買ったほうが何かと便利だと思います。航空券以外をどうするつもりなのか、によると思います。