私の経験論で恐縮ですが

利用される宿が個室であれば神経質になる必要はないと思います。
イタリアやスペインなどと何ら変わらないと私は思います。
盗られたら『運が悪かった』と諦めることにしてます。

私は平均280DHの宿(安い?高い?)でしたがお湯ももちろん出ますしセキュリティ面も問題なく快適でした。

宿泊先が決まっていない場合において宿の雰囲気で大丈夫か否かを判断しています。当たり前のこと言ってすみません。
『ちょっと...』と少しでも感じたらやめることにしています。
ご自身の感覚を信じて宿探しする際は頑張ってくださいね。

長距離の鉄道についてですが1等・2等席があります。
私は2等席でしたが空調もあったのでそこそこ快適でした。

2等は指定席では無いので(1等は利用しなかったのでわかりません)躊躇せず席が空いていたら座りましょう。
ヨーロッパなどでよくある個室コンパートメント席(3～4人向かい合わせ)のタイプでした。
席の頭上に荷物棚があります。荷物を上げるのが大変だと思いますが頑張ってください。

バスは国営バス(以下、CTM)と民間バスの両方があります。
それぞれの特徴ですが、、、
【民間バス】
・料金が安い
・CTMが走っていない都市間をカバー
・現地人の利用が多い
・停車する場所がCTMに比べると多い
・荷物を預けるときに言い値でお金を要求される(20DH程度)
・シートから臭いがする席もある(おしっこの臭いなどその他)
・空調がないバスもある(停車しているとき地獄)
・ある都市では不便な場所にターミナルがある

【CTM】
・料金は民間バスに比べると高い
・荷物管理がシステム化されており発番され受け取る際に番号を照合(重さにより料金が掛かる。バックパック1つなら10DH程度)
・車内、ターミナル共に清潔
・空調完備
・大都市間は接続されているが小都市間は接続がない、または発車本数が極端に少ない

【共通】
・休憩停車の際、お菓子の売り子や物乞いが勝手に乗車してきて『買ってくれ』、『お金くれ』とせがまれる

以上がそれぞれの特徴です。

夜の移動はしていないので分かりません。
常識的に考えるとリスクは高くなると思います。

>一人旅は慣れているはずなのに、何かと不安になっています。。。
不安ですよね。私もそうでした。それも旅の一部なんですよね。でも思っていたより平気な事ってありません?私のモロッコ旅行はそんな旅でした。

参考になれば幸いです。