珠海までですが

http://www.kgkx.com/transport.asp

広州空港からマカオまでの直行バスはあるのかな?

珠海との間は殆ど高速道路を走ります。高速道路上で、一箇所だけ休憩所があったと思います。
でも、所要時間が2.5時間ほどなので、途中では停まらないと思います。

上記のホームページに載っているバスならばトイレはあります。