そうですね。

例えば基本は大阪⇔マドリードとするとして、行きはフランクフルト
乗継で帰りはパリ乗継という航空券を購入すると、三都市行けます。

乗継地の滞在時間が24時間以内なら追加料金なしとか、もしくは
ストップオーバーといって、いくらかの追加料金で乗継地で何日か
滞在できるシステム(?)もあります。

あっ、行きの到着空港と帰りの出発空港が違っても良い、という
オープンジョーを利用して、大阪→フランクフルト(乗継)→マドリード
帰りはパリ→大阪というふうにも出来るかな。マドリード→パリは
鉄道など陸路移動という風にして・・・。

訪問可能都市三都市というのはおっしゃるとおり「三都市まわれるよ」
ということでしょう。格安航空券の検索をすると「ストップオーバー可能」
とか「オープンジョー可能」とかいう条件も記載されているかと思います。
あと訪問可能都市も航空券によって違いますよね。(というより航空会社によって
違うのか)