イラン確認しましたので報告まで

大使館の回答ですが、
イスラエル入国印があっても特別の事情がない限りは問題なくVISAを(東京で)発給するそうです。

皆様お騒がせしました。
また、いろいろな情報ありがとうございます。
状況が悪くならないうちに両国とも済ませてしまおうと決めました。