大丈夫

今回のケースでは母国の日本に一度帰っていますので、再び90日間の
滞在としてリセットした状態になります。

母国に帰らぬまま(駐在や留学で長期滞在ビザを別にもらっていると
また別ですが)放浪している場合は、最初に日本を出国した日から
起算します。一旦シェンゲン条約圏外の第3国に出ていても連続
扱いと見なされます。