今回のケースでは

同じ予約に対して航空券は全ての航程で発券されます。
各区間ごとに発券しません。

今回のケースではシンガポール航空で日本の空港ーシンガポール、シンガポールーデンパサール(バリ)、デンパサール(バリ)ーシンガポール、シンガポールー日本の空港で同一航程になります。


搭乗券はチェックインすると渡されるものです。
搭乗券には搭乗者の氏名や便名、行先等が印刷されています。


シンガポールーデンパサール(バリ)間の搭乗券も日本の空港で受取可能です。


シンガポールの税金の件はシンガポール航空とは関係ありません。
代理店の担当者の無知が原因です。
抗議して払い戻させるべきです。
JATAにクレームした方が良いかもしれません。



念のために、出入国に関係するCIQも覚えておいて下さい。
C = Customs 税関
I = Immigration 入管
Q = Quarantine 検疫

日本では税関は財務省、入管は法務省、検疫は厚生労働省と農林水産省の管轄です。