2日出回るなら

1日目はビザの申請・入国審査・HOTELまでの移動などを考えたら遺跡観光は無理そうですね。
そうすると実質2日しかないのですね。

私がもし初めてのアンコールワットで2日で回るとしたら
2日目(観光1日目)
アンコールワットで朝日→バンテアイスレイ→大回りコース
昼はHOTELで休憩
バイヨン寺院→アンコールワットもしくはプノンバケンで夕日

3日目(観光2日目)
アンコールワットで朝日→バイヨン寺院・王宮周辺→タップロームなどの小回りコース
昼はHOTELで一旦休憩(体力があまっていたらマーケットへ)
午後からは見ていない近場の遺跡もしくはもう一度アンコールワット

2日間とも朝食をHOTELで取りに戻ると時間がもったいないので前日にコンビニでパン購入か遺跡の中の屋台で朝食。
朝日を見に来た観光客の人たちがHOTELに朝食に戻る時間が一番アンコールワットを気持ちよく見れる時間です(人が少ないし涼しい)。
ただし写真を撮るなら太陽光線の関係で午後が良いと思います。

昼間の暑い時間帯は極力動かずにHOTELで休憩を取ったほうが良いです。

夜の有効利用としてアプサラダンスのディナーショーも良いと思います。
値段は高いとこもあるみたいですが、私が行った場所は1人10ドルちょっとでバイキング形式の食べ放題でした。

本当は時間がもう少しあったらベンメリア遺跡やクバルスピアン遺跡もお勧めなのですが、初めてのアンコールワットで(実質)2日しかないならあきらめて他の遺跡を楽しんだほうが良いと思います。