所要時間、料金等、目安は「歩き方」にも書いてありますが・・・

昨今の情勢で、現在はアメリカ国内線利用であっても、
空港到着2時間前を推奨されています。
マンハッタンからニューアークはタクシー利用で
早くて40分だそうですので、逆算してみてください。
(料金は$50～70+有料道路代とのこと)
移動時間帯は、丑三つ時の範囲内ですから、
2時間前、とうるさく言われるほど人はいないとは思いますし、
渋滞もないとは思いますが、何がおこるかわかりません。
余裕をもった移動をお勧めします。
マンハッタンの一定のクラス以上のホテルであれば、
タクシーがつかまらないということはないかと思いますが、
ほぼ夜中に近い早朝でしょうから、フロントかコンシェルジュに
予約を頼んでおくのが無難だと思います。

もしくは前日の宿泊は空港周辺に変えてしまうか、ですね。
小心者で、夜中にばたばたするのが嫌いな私は、
たぶん、前日空港周辺宿泊にしてしまうと思います。