タクシーが無難でしょ

空港に着くのが23時ならば、荷物を持って外に出るのが23時30分頃ですね。

空港からポツダム広場まではバス+地下鉄、バス+バスあるいはタクシーで直行と3つの方法が考えられますが、この時間だと乗り継ぎの便があるかどうかギリギリですので、実質タクシー直行しか方法はないと思います。安全がどうしたこうした、深夜料金があるなし云々の問題ではないでしょ。素直にタクシーに乗りましょう。

ちなみにベルリンの地下鉄、深夜だから危険だということはありません。