想像だけなんですが・・

同一の部屋で料金が異なると言うのは先ずありえないと思います。
調べられた際、出てくる部屋のグレードやベッド数とかはチェックされましたでしょうか?

例えば大人二人・・・キングサイズベッド一つの場合もあればクイーンサイズ2ベッド等・・・です。
子供1名を入力された方は・・・私の子供は成人のためその選択をした経験がありませんので判りかねますが、部屋のグレードが高い(部屋が日広い、階が上で眺めが良い)・・・程度しか思いつきません。
何か違いは見つかりませんでしたか?

>また、大人2名で予約する事はできるのでしょうか?(子供は12歳)

アメリカのホテルの基本は一部屋、一晩、幾らです。
年齢は気にせず、安いほうを選択されればよろしいかと・・・。