普通列車・・・で行きますか?

普通系(IR、R、Dなど)には、1,2等級の区分けはほぼ必ずあります。が、指定をとっている方は見た記憶は無いです。客車だと編成が長いので座れないことは無いですし。(フォリーニョ、アッシジ間がローカル気動車だと、2,3両の短い編成なので満員になることもありますが。)事実上、指定は無いのが現状です。

クーラー、清潔さ、指定にこだわるのであれば、ICかECに乗ったほうがいいかと思います(途中までですが)。ローカル系列車(客車、気動車含む)にはコンパートメントがありません。(ほんの時にコンパートメントもありますが)おまけに、クーラーもついていないのが未だに結構あります。

トイレの無い編成はイタリアには存在しません。ほぼ全ての車両にあります。ただ、日本人にとっては決して清潔とは言えないとは思いますが、これは慣れでしょう。

ご希望の切符は駅にある券売機で、往復のチケットが買えます。英語モードなら簡単に、ならぶことも無く、人数分まとめて購入できますし。壊れているマシンがそこここにあるのがちょっと気になりますが・・・乗車日も先日付のものが自販機で買えます。