南疆鉄道

南疆鉄道とクンジュラブ峠越は必須と思います。
日本から北京を飛行機、北京～ウルムチを寝台列車、ウルムチ～コルラを寝台列車でいったらどうですか?
経済的で、時間との兼ね合いもちょうどいいと思います。
コルラからチャルクリク経由で南シルクロード経由でカシュガルへ行くのがいい感じです。
カシュガルからは峠を越えてフンザ経由でパキスタンというお決まりコースですけど、魅力は衰えていません。

飛行機は、成田からならパキスタン航空で北京イン、カラチ・アウトで帰ってくると安上がりです。

T69という特急列車、間もなく車両が新しいものに変わってしまいますので、味のある列車に乗るのも今がチャンスかと思います。
北京～ウルムチは、2等寝台で650元くらい、1等寝台で1000元くらいです。

T69列車の切符が取れなかったら、蘭州まで行って(臨時も含め結構いっぱい出てます)、そっから蘭州始発のウルムチ行きに乗るのも手です。