1日おきに、違うところに宿泊されては?

一日目は確実にコモ泊がよいかと。
空港からのバスは、ミラノ北鉄道のComoLago駅の横にあるバスターミナルに着きます。が、最終が空港19:30発なので、間に合わないかも。
そのときは鉄道(ミラノ北鉄道乗継)ですね

コモの駅・港の近くのホテルは、ゆっくりできますがちょっと高いかもしれません。(テルミヌス等)
街中のHotelPostaくらいが高くも無く、安すぎも無くですね。
中心市街が小さいのですぐにたどり着けます。ただ、湖畔の宿はコモ市街にはありません。

湖畔宿泊なら、コモ湖の中心部をお勧めします。
1日目にはたどり着けないので、2泊目でどうでしょうか。

Bellagio,Menaggio,Torno,Cernobbioあたりにいいホテルはたくさんあります。
コモからは、ジェットフォイルで1時間台で行けます。