米系は知りませんが、日系は正規割引運賃でも手数料を取ります。

飛べない豚さま　おはようございます。

日系は正規割引運賃でも手数料を取ります。(ない場合もあるかもしれませんが)

ANAの例として、本人が病気の場合、特例として手数料無料というのはありますが、
医者の診断書が必要であり、今回のように当日空港で熱があり本人判断で
旅行中止の場合は、手数料を取られるでしょう。