経由か迂回か

僕の前のコメント、変に煽ってしまったようですが
ラパスの治安状況は、決して絶望的な状態ではありません。

気をつけるべきポイントを守れば、安全に旅を楽しむことは十分に可能です。

ウユニ→チチカカ湖を移動するならば
やはりラパスを経由する方が簡便です。
もしラパス市内を歩くのが不安であっても、ウユニから到着したバスターミナルで
コパカバーナ行きの便に乗り換えることも可能です。
※コパカバーナ行きの通常のミニバスは、別のターミナルから出ますが
一部の便はこのメインターミナルを経由します。

このターミナル内、スリについては十分な注意が必要ですが。

それでもラパスが不安、というのならば
オルーロから、チリのイキケに向かうバスの便があります。
ウユニ→オルーロはバスか鉄道(鉄道は週4便ですが、快適です)で移動可能。

せっかく訪問するボリビア、もう1ポイント加えるならば
ウユニからポトシへ向かってみてはいかがでしょうか。
ポトシ→オルーロのバスの便も多くあり、
ウユニ→ポトシの車窓の風景はなかなかのものです。

リマin/outとすると、アタカマからウユニに入るまでの行程にロスが多くなると思いますが。