私もおすすめ♪

nontaさんも書いておられますが個人で歩く方が良いです。(ちょっとハイキングの様になりますので靴は歩けるものをw)
アテネ発ツアーの場合、主要な修道院2箇所程度を廻るだけというのが多いです。

まず麓のカランバカについて見上げると天空にそびえる修道院・・・。はっきりいってアテネはアクロポリスとかも( ゜Д゜)エッコレダケ?という感じですが。
(唯一夕方プラカ辺りから見上げると良いです。やはり神々の神殿なので下々は近寄らないほうがよいのかもw。)

エーゲ海の島とメテオラはギリシャでは1、2押しですね。アテネ観光は早めに切り上げて(アテネは1日で十分)他の所を回る事をお奨めします。(9月のアテネはホテルも一番高いし・・・これはギリシャ全般ですが。)

アテネからメテオラ(カランバカ)までは列車以外にバスもあります。列車のほうが個人的に好きなのでお奨めですが、直通は1本/日のはずです。乗り換えれば行けるはずですが乗り継ぎしだい。(列車運行は時期によって変動、9月は多くあるはず)
旅程によっては、バスなら2hに1本ぐらいの割りでありますのでスケジュールの参考にしてみては。直通でカランバカ行きもありますが本数が少ないので、トリカラで地元バスに乗り換えた方が良いです。バスのTimetableとかはギリシャ政府観光局のHPよりリンクあり。　
http://www.int-acc.or.jp/greece/index.html
(ただしHPの情報は現地と違ってる場合あり。おおむね不利側に書いてあるようなのでOKですが。)

アテネを早朝でればうまく行けばカランバカには昼頃着けるので、観光案内所へ行ってみて情報仕入れて下さい。ひょっとすると折り鶴があったら暇つぶしに私が折った奴かも。(爆

ちなみに一泊したとして、早朝からバスで上までいって1日でグレートメテオロンから歩いてカストラキの方へ降りながら、道沿いの修道院(6つあるはず)が見れますが、2個だけ少し降りる道路から離れてるのでそこを見て廻ると時間が足りなくなるかもしれません。(2泊なら問題ないですが)その離れてる2つのうち"Holy　Trinity　Monastery"が結構観光客少なくてお奨めです。(グレートメテオロンははずせませんが、大きなとこは観光客が多くヒタレマセンw。出来れば小さな修道院も見られたほうがGoodです。)

体力があればですが、カランバカの街からこの2つはショートカットして徒歩で登れる山道があります。(聞けば教えてくれるはず。)1日目にここだけまわっても良いかもしれません。(私は1泊だったのでそうしました。秋だったので帰りはすぐ暗くなってあわや遭難?と思いましたがw。)

旅程が10日なのでメテオラとか廻ってデルフィやペロポネソスとかも行くと、あんまり時間がないですが出来れば島(ミコノス、サントリーニ、イドラ辺り)には行って損はないです。決して期待は裏切らないと思いますよ。時間が無ければ飛行機使ってでも行く価値はあり。出来れば船、それも高速艇でなくフェリーがGoodですが。(クルーズはお金が出来たら行きましょうw)